Wydział Ocen Oddziaływania na Środowisko (WOOŚ)
Prowadzi oceny oddziaływania przedsięwzięć na środowisko, w ramach postępowań zmierzających do wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach. Wydaje również opinie i uzgodnienia w toku ocen oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko, prowadzonych przez inne organy. Uczestniczy w strategicznych i transgranicznych ocenach oddziaływania na środowisko. Realizuje zadania związane z gospodarką odpadami na terenach zamkniętych. Współdziała z Regionalną Komisją Ocen Oddziaływania na Środowisko.

Wydział Ochrony Przyrody i Obszarów Natura 2000 (WOPN)
Realizuje zadania z zakresu ochrony gatunkowej, siedlisk przyrodniczych i obszarów chronionych. Ustanawia i likwiduje rezerwaty przyrody. Opracowuje plany ochrony i zadania ochronne dla rezerwatów przyrody oraz plany ochrony i plany zadań ochronnych dla obszarów Natura 2000. Szacuje szkody wyrządzane przez zwierzęta objęte ochroną, za które odpowiada Skarb Państwa, głównie: bobry, wilki i żubry. Uzgadnia również dokumenty planistyczne z zakresu zagospodarowania przestrzennego. Współdziała z Regionalną Radą Ochrony Przyrody.

Wydział Zapobiegania i Naprawy Szkód w Środowisku oraz Informacji o Środowisku i Zarządzania Środowiskiem (WSI)
Realizuje zadania dotyczące zapobiegania szkodom w środowisku i ich naprawie. Udostępnia informacje o środowisku i jego ochronie. Zajmuje się obsługą Biuletynu Informacji Publicznej oraz prowadzi publicznie dostępny wykaz danych o dokumentach zawierających informacje o środowisku i jego ochronie. Opiniuje wnioski organizacji o rejestrację w krajowym systemie ekozarządzania i audytu EMAS, a także uzgadnia projekty uchwał sejmiku województwa wyznaczające aglomerację.

Wydział Spraw Terenowych I w Elblągu (WSTE)
Prowadzi oceny oddziaływania przedsięwzięć na środowisko, w ramach postępowań zmierzających do wydania decyzji o środowiskowych uwarunkowaniach. Wydaje również opinie i uzgodnienia w toku ocen oddziaływania przedsięwzięcia na środowisko, prowadzonych przez inne organy. Uczestniczy w strategicznych i transgranicznych ocenach oddziaływania na środowisko. Szacuje szkody wyrządzane przez zwierzęta objęte ochroną, za które odpowiada Skarb Państwa, głównie: bobry, wilki i żubry. Uzgadnia dokumenty planistyczne z zakresu zagospodarowania przestrzennego oraz realizuje zadania związane z ochroną gatunkową. Zasięg terytorialny działania Wydziału został określony w Regulaminie Organizacyjnym Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Olsztynie, dostępnym w Biuletynie Informacji Publicznej.

Wydział Spraw Terenowych II w Ełku (WSTŁ)
Uzgadnia dokumenty planistyczne z zakresu zagospodarowania przestrzennego oraz uczestniczy w strategicznych ocenach oddziaływania na środowisko. Szacuje również szkody wyrządzane przez zwierzęta objęte ochroną, za które odpowiada Skarb Państwa, głównie: bobry, wilki i żubry. Zasięg terytorialny działania Wydziału został określony w Regulaminie Organizacyjnym Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Olsztynie, dostępnym w Biuletynie Informacji Publicznej.

Wydział Organizacyjno - Administracyjny (WOA)
Wydział odpowiada za obsługę kadrową i organizacyjną Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Olsztynie.

Zespół Budżetu i Finansów
Zespół odpowiada za obsługę finansową Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Olsztynie.

Struktura organizacyjna Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Olsztynie